Ere comsic, année 78, une attaque terroriste à base de nucléaire est lancée contre les Plants en deux fois, la première fois détruisit la moitier laissant ainsi le temps à lacus Clyne, la présidente des Plants de prévoir la sécurité des survivants et de les envoyer sur Terre, sur un continent d'Orb datant de la première guerre. Les Plants furent ensuite complètement détruite.
Ere cosmic, année 80, les responsable de l'attaque terroriste son identifier comme étant des rescapés du LOGOS et ayant une place importante à la fédération Terrienne. Ceux-ci n'ayant jamais accepter les Coordinateurs, avaient décidé de détruire les Plants et ils y sont arriver cependant, ils n'avaient pas prévu que les survivant de la première attaque se soient diriger sur un continent d'Orb, qui est maintenant devenu ZAFT. Lacus Clyne est toujours la présidente de ce continent et a, à contre coeur, décidé de reformer une armée durant ces deux ans, bénéficiant des ancienne installation d'Orb pour pouvoir se défendre contre une attaque éventuelle.
Cagalli Yula Athha est, quant à elle, toujours la Député d'Orb et reçoit, comme lors des précédente guerres, des demandes d'alliance avec la fédération atlantique cependant elle refuse catégoriquement.
La fédération atlantique est maintenant contrôlée par le LOGOS et prévoit d'attaquer le continent de Zaft ainsi que les base militaire toujours présente sur Terre.
Va-t-on droit vers une nouvelle guerre?